ЭБС Уфимского университета науки и технологий
фонд Заки Валиди 32, Карла Маркса 3/1 и Достоевского 131

     

Детальная информация

Хайруллина, В.Р. Практикум по вычислительной химии [Электронный ресурс]: учебное пособие. Ч.1 / В.Р. Хайруллина, Э.М. Хамитов; Башкирский государственный университет. — Уфа: РИЦ БашГУ, 2017. — Электрон. версия печ. публикации. — Доступ возможен через Электронную библиотеку БашГУ. — <URL:https://elib.bashedu.ru/dl/read/Hajrullina_Hamitova_Praktikum po vychislitelnoj himii_Ch 1_up_2017.pdf>.

Дата создания записи: 21.12.2017

Тематика: Химия — Общая и неорганическая химия в целом; химия; лабораторные работы; программа Marvin Sketch

УДК: 546

ББК: 24.1

Коллекции: Учебные и учебно-методические издания; Общая коллекция

Разрешенные действия:

Действие 'Прочитать' будет доступно, если вы выполните вход в систему и будете работать на компьютерах в читальных залах Библиотеки

Группа: Анонимные пользователи

Сеть: Интернет

Права на использование объекта хранения

Место доступа Группа пользователей Действие
Локальная сеть Библиотеки Все Прочитать
Интернет Аутентифицированные пользователи Прочитать
-> Интернет Все

Оглавление

  • 1. Работа с программой MarvinSketch
    • 1.1. File Menu (Меню Файл)
    • 1.2. Edit Menu (Меню Правка)
    • 1.3. View Menu (Меню Вид)
    • 1.4. Insert Menu (Меню Вставка)
    • 1.5. Atom Menu (Меню Атом)
    • 1.6. Bond Menu (Меню Связь)
    • 1.7. Structure Menu (Меню Структура)
    • 1.8. Calculations Menu (Меню Расчеты)
    • 1.9. Tools Menu (Меню Инструменты)
    • 1.10. Help Menu (Меню Помощь)
  • Лабораторная работа № 1. Построение структур химических соединений с использованием программы MarvinSketch
    • Лабораторная работа № 2. Конвертация молекул органических соединений в различные представления и присвоение и систематического названия соединениям с использованием программы MarvinSkletch
    • Лабораторная работа № 3. Топологический анализ структур органических соединений
    • Лабораторная работа № 4. Расчет таутомеров, стереоизомеров, конформеров и резонансных форм органических соединений, а также их физико-химических свойств с использованием программы MarvinSketch
    • Лабораторная работа № 5. Расчет спектров ЯМР 1Н и 13С для органических соединений с использованием программы MarvinSketch
  • 2. Знакомство с химическими и биологическими базами данных
    • Лабораторная работа № 6. Знакомство с базой данных CHEMBL
    • Лабораторная работа № 7. Знакомство с базой данных DrugBank
    • Лабораторная работа № 8. Работа с веб-сервисом Common Chemistry
    • Лабораторная работа № 9. Знакомство с базой данных PubChem
    • Лабораторная работа № 10. Знакомство с базами данных NIST
    • Лабораторная работа № 11. Оценка спектральных и термохимических характеристик органических соединений в базах данных NIST
    • Лабораторная работа № 12. Оценка токсичности и биоаккумуляционного фактора органических соединений с использованием программы GUSAR 2011
    • Лабораторная работа № 13. Оценка биологической активности с использованием программы GUSAR 2011
    • Лабораторная работа № 14. Докинг
    • Общие представления о методе молекулярного докинга
    • Знакомство с панелью инструментов программы
    • AutoDock Tools
    • Работа с отдельными элементами макромолекул, выведенных на экран AutoDock Tools
    • Редактирование макромолекулы 4oqm
      • Удаление цепи В
      • Подготовка к расчетам цепи А макромолекулы 4oqm
      • Удаление сульфат-ионов
      • Выделение молекулы лиганда и представление его в виде шаро-стержневой модели
      • Создание моделей макромолекулы 4oqm для молекулярного докинга
      • Определение молекул воды, координирующих положение лиганда в макромолекуле
      • Удаление молекулы лиганда из цепи А макромолекулы 4oqm
      • Подготовка файла лиганда в формате pdbqt
      • Расчет решетки в программе AutoGrid
      • Запуск расчета решеточной модели
      • Молекулярный докинг лиганда в активный центр фермента
      • Запуск расчета методом молекулярного докинга
      • Анализ результатов молекулярного докинга
      • Задание для самостоятельной работы
    • Требования к оформлению отчетов
  • 3. Темы рефератов

Статистика использования

stat Количество обращений: 16
За последние 30 дней: 0
Подробная статистика